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孙红博士介绍(PI)

 

12课题组长:孙红,博士,进化生物学研究课题组组长。2007年博士毕业于中国科学院生物物理研究所, 2011年获得密西根大学M.D.学位。

【课题组研究方向】

近年来,针对脊椎动物基因组、基因组中的功能元件、转录组等做了多层次的比较分析,包括高度保守序列元件在脊椎动物基因组中分布结构的保守性、功能关联性分析;哺乳动物全基因组水平的片断融合事件分析等。开发了高效的高通量转录组测序数据分析工具;通过分析转录组测序数据探索重叠基因转录调控机制;解析与疾病状态相关的转录标志物;利用时序基因表达谱数据解析脂肪细胞分化过程中的基因调控的动态关系等。在MicroRNA研究领域,预测了新的miRNA基因以及鉴定和功能探索;分析miRNA基因转录后的加工过程;以及探索miRNA的功能和进化特征等。搭建了生物信息平台用于比较人与模式生物之间疾病相关的分子机制。 

【科研项目】
1. 科技部973项目:基于系统生物医学基础的白血病临床转化研究
2. 科技部973项目:表观遗传变异在肺癌发生发展中的作用和机制
3. 上海市自然科学基金:miRNA分析平台及调控机制研究
4. 国家自然科学基金面上项目:正反义转录机制和调控网络的系统研究


【主要论文】

* First author(s), # corresponding author(s)

1.Yang S, Li Y, Sun H#: Differential analysis of gene regulation in human leukemia cells in response to methotrexate and mercaptopurine. Acta Biophysica Sinica 2014, 30 (2):157-164.
2.Wang Y, Li R, Ji C, Shi S, Cheng Y, Sun H#, Li Y#: Quantitative dynamic modelling of the gene regulatory network controlling adipogenesis. PLOS ONE 2014, 9(10):e110563.
3.Tun L, Li Z, Sun H#, Li Y#: The Protein Phosphorylation Profile in Oridonin-Treated Kasumi-1 Cells. Acta Biophysica Sinica 2013, 29(7):506-514.
4.Sun H*, Chen H-F, Chen R: Genome Comparisons as a Tool for Antimicrobial Target Discovery. In: In Silico Models for Drug Discovery. Edited by Kortagere S, vol. 993: Humana Press; 2013: 31-38.
5.Zhu Y, Skogerbo G, Ning Q, Wang Z, Li B, Yang S, Sun H#, Li Y#: Evolutionary relationships between miRNA genes and their activity. BMC Genomics 2012, 13(1):718.
6.Wang Y, Zhou Y, Li Y, Ling Z, Zhu Y, Guo X#, Sun H#: An improved dimensionality reduction method for meta-transcriptome indexing based diseases classification. BMC Systems Biology 2012, 6(Suppl 3):S12.
7.Sun H*, Skogerbo G, Zheng X, Liu W, Li Y: Genomic regions with distinct genomic distance conservation in vertebrate genomes. BMC Genomics 2009, 10:133.
8.Sun H*, Skogerbo G, Wang Z, Liu W, Li Y: Structural relationships between highly conserved elements and genes in vertebrate genomes. PLoS One 2008, 3(11):e3727.
9.Zhang Z*, Sun H*, Zhang Y, Zhao Y, Shi B, Sun S, Lu H, Bu D, Ling L, Chen R: Genome-wide analysis of mammalian DNA segment fusion/fission. J Theor Biol 2006, 240(2):200-208.
10.Sun H*, Skogerbo G*, Chen R: Conserved distances between vertebrate highly conserved elements. Hum Mol Genet 2006, 15(19):2911-2922.
11.Deng W, Zhu X, Skogerbo G, Zhao Y, Fu Z, Wang Y, He H, Cai L, Sun H, Liu C et al: Organization of the Caenorhabditis elegans small non-coding transcriptome: genomic features, biogenesis, and expression. Genome Res 2006, 16(1):20-29.
12.Sun H*, Yang S*, Tun L, Li Y: IAOseq: Inferring abundance of overlapping genes using RNA-seq data. Accepted by BMC Bioinformatics.